游戏一开始，我们的主角“林夕”正在睡梦中“拯救苍生”，结果被李大娘从床上抓起来，一顿痛扁（好熟悉的场景）。果不其然，这就是仙剑一的客栈，而且李大娘依然是威风不减当年，一顿教导之后，林夕只好不情愿的起床干活（你逍遥哥当年比你还惨，哈哈）。记得拿柜子上的隐藏物品，和当年的电脑游戏一样，没有提示，只能自己寻找。

走下楼后，李大娘告诉林夕说今天“李逍遥”要回来，并让其去招呼客人。从客人口中得知渝州“景天”的故居闹鬼。点好菜后，得知桂花酒没有了，李大娘让林夕去药店买点桂花蜜，来做假桂花酒（汗…）。

出门从“余杭东”到药店，老板说现在桂花蜜还没到货，希望林夕能去野外的“百花径”搞点回来。出城到“余杭西郊”发现有个美女被妖怪打倒在地，我们的林夕自然是“英雄救美”了。轻松取胜后，得到桂花蜜。林夕发现对方是个绝世美女，就异常热情的邀请对方去余杭，甚至抬出了李逍遥的名号。对方果然是李逍遥的Fans，于是林夕小计谋得逞，两人结伴回余杭。

回到余杭药店完成任务后，佟掌柜会奖励你“锋灵刃”的配方（最好仔细听下如何合成物品），最后得知李逍遥出了事。林夕赶回客栈后，发现李逍遥昏迷，大夫也束手无策。大家正一筹莫展的时候，和林夕一起回来的镜花用法术救醒了李逍遥。李逍遥清醒后，预感六界出了危机，这时镜花妹妹的影像出现在大家面前，告知妖界出了问题。于是李逍遥，林夕和镜花三人决定一同去昆仑山。

出城后依然从“余杭西郊”出发，本以为有了李大侠可以轻松升级，结果他根本不出手，依然是小辈们出力，强烈鄙视。走到一个路口，趁着李逍遥离开去探路的机会，林夕和镜花有一段感情戏，可怜的李大灯泡回来后，大家继续向“右”前进。记得存档哦。

穿过一段阴森恐怖的山洞后，来到昆仑山下。山脚有个商人，要换装备的赶快哦，前面会有一场恶仗。和电脑版一样，地上的花也是可以采的，如果不想花钱买药，那走路的时候多看看脚下。没多久就会碰到《仙剑4》的主角，云天河和柳梦璃。时空开始混乱，林夕记得云天河为救苍生，用神弓射落了琼华派。可是云天河却不记得，原来2人穿越了600年，来到现在。一番对话之后，得知玄宵竟然在昆仑山顶，于是众人决定一同上山。左边有药品商人，前面有保存点，下面会很难。

山顶上，横尸遍野，看到了走火入魔的玄宵。云天河，李逍遥等人苦苦相劝，可惜玄宵心魔深重，最终拔剑相向。虽然玄宵说，你们一起上。可战斗的依然只有2个小辈（泪奔~那可是玄宵啊…）。一番苦战之后，玄宵终于倒下了（玄宵一直是个悲情人物，胜利后，看到玄宵的诗句，心中一阵苦楚）。

最后镜花终于要回妖界了，林夕虽然不舍，可却觉得自己配不上镜花，不敢表白。李逍遥觉得玄宵虽然失败，可事情不会这么简单，决定继续寻找线索，并让林夕去杭州寻找“王小虎”“李忆如”相助，并且叮嘱林夕去余杭时，要帮自己跟李大娘说说好话，免得回去又会被暴打（童年的阴影啊）。李逍遥走后，云天河问道自己射完琼华派之后的事情，林夕不忍让他知道悲惨结局，只好编出谎话欺骗。柳梦璃回来后，众人决定先回余杭。没走几步，镜花竟然出现，并要一起同行，林夕自然心中美得冒泡。原来柳梦璃不忍镜花重走自己的感情道路，直言相劝（云天河是猪头~~）。

回到余杭逍遥客栈后，众人都去休息。李大娘自然看出林夕和镜花之间的暧昧，掏出“祖传玉镯”给林夕，帮两人创造机会。可悲的虽然有林夕的掩饰，可依然无法改变李大娘要教训李大侠的决心（默哀~）。林夕主动提出要带镜花逛逛余杭城，一段感情戏之后，两人的感情更进一步。回到客栈后，云天河正在大块朵颐，吃的李大娘一阵心痛，饭后大家就被赶了出来。（囧~）众人于是向渝州城进发，此时将装备和药品准备好，客栈会有存档点。

来到渝州城的当铺发现《仙剑3》的景天和雪见大战邪剑仙，众人自然出手相助。一番恶战之后，镜花为林夕挡了邪剑仙最后一击，而香消云散。林夕悲痛欲绝，终于说出自己对镜花的感情，并将“祖传玉镯”戴到镜花的手腕上。这时雪见提出可以救活镜花的方法，那去鬼界找回镜花的灵魂，但需要先找到“水灵珠”保住镜花的尸体。林夕根据景天的提议，决定先向渝州北郊的“北海”寻找“水灵珠”。

现在是你一个人在战斗，所以要多存档，多准备药品。最后守护水灵珠的是一个水龙难度不大，用雷系魔法就好。得到水灵珠后，众人赶回客栈，冰封了镜花的尸体。继续马不停蹄的前往“丰都”去寻找鬼界入口。

到了丰都，在客栈碰到了镜花的妹妹“水月”，经过一番争吵之后，为了姐姐的复活，水月还是加入了林夕的队伍（水月的等级是根据林夕的等级而来的，所以最好将林夕的等级练高些）。从店小二的口中得知，中间客房的客人有问题。果然，这就是鬼界的接引人，到鬼界后，在奈何桥会和孟婆大战一场。过了奈何桥在鬼门关碰到了鬼王，自然又是一场恶战。打败鬼王夺回镜花的魂魄后，众人赶回渝州客栈后，终于救活了镜花。可水月却嫉恨邪剑仙打伤姐姐，独自去蜀山报仇。一番商议后，柳梦璃等留下来照顾镜花，林夕等人去蜀山找回水月。在渝州南郊林夕追上水月，大家一起去蜀山找邪剑仙。

蜀山脚下碰到《仙剑3外传-问情篇》的南宫煌和温慧，得知蜀山地脉异变，众人觉得应该和邪剑仙有关，于是共同前去查看。进入地脉后，会发现有三个入口，走中间的一个。存好档后，大战火龙。解决了地脉的异变后，众人继续向蜀山赶去。

来到蜀山后，发现妖物横行，途中还有炎兽王挡路。来到山顶后，见到了蜀山掌门徐长卿，众人怀疑是邪剑仙进入锁妖塔导致这一切。于是林夕等人，决心去锁妖塔一探究竟。

锁妖塔中，碰到了《仙剑2》中的王小虎和李忆如，得知邪剑仙真的在锁妖塔中，并用幻术骗走了李逍遥和赵灵儿。4仙剑最经典的迷宫模式终于出现了，其实并不是很难，只要记好就可以轻松过了，多准备点“驱魔香”要不会很费时间和精力。最后终于在塔顶见到了“邪剑仙”，原来时空混乱都是五华山一个“神秘人”搞的鬼。不管怎么说镜花的仇是肯定要报的，开打吧。此战非常之难，建议40级以后再去，当然你要是装备和药品充足，那自然没问题。

出了锁妖塔，众人和徐长卿告别后，南宫煌和温慧加入，队伍向五华山前进。在渝州西郊的林荫湖，碰到了云天河等人，原来有人找到了上古神器-昆仑镜，昆仑镜具有穿梭时光的能力。所有的线索都指向了五华山的神秘人。 穿过桃花密林，终于来到了五华山顶。

山顶上，众人看到被李逍遥和赵灵儿拦住的神秘人“重楼”。原来当年紫萱为了天下苍生用身体去修补锁妖塔，而重楼却悔恨自己无法阻止。为了挽救紫萱复活，找到了上古神器-女娲石，可是发动女娲石的五灵珠却不知去向。于是便用昆仑镜将与五灵珠有关的所有重要人物都转换了回来，希望能夺回五灵珠。众人虽然同情重楼，可是时空错乱会导致六界平衡，后果不堪设想，只得进行最后一战。重楼的实力自然不必多说，最后的boss，把所有的好东西都用掉吧。

重楼失败后，大家依依惜别，云天河，景天等人也各自回到了自己的时空。正当大家认为圆满结局的时候，林夕却突然昏倒。黑暗中，林夕听到了水月对自己的表白和镜花准备成全自己和妹妹的决心。最终林夕将何去何从，他和镜花的感情会有结局吗，游戏却戛然而止。也许真的像姐妹两人的名字，镜花水月，好梦难留。我们只好期待下部作品给我们答案。